我校以教科研引导、助推教育教学内涵建设，学校领导对教科研工作给予极大的关注与支持，加强教师的教科研培训，请专家作报告，派遣教师外出参观学习，共计60人次参加国家级培训，116人次参加省级培训，198人次参加地市级培训。90多名教师参加了国家、省、市级课题研究，60多名教师主编或参编国家统编教材；80多名教师在学术期刊发表论文百余篇。

2021年10月，全市教育科研先进单位、先进个人和教育科研优秀成果的评选工作中，曲阜中医药学校荣获曲阜市“教育科研工作先进单位”称号；林国君副校长、高红霞主任荣获曲阜市“教育科研先进个人”称号；我校林国君副校长的两项教研成果《基于现代学徒制的“双轨三段式”中职中药专业人才培养模式的实践研究》和《以抗疫英雄为典范实施中职医药卫生类学校新医德教育的实践研究》及严秀芹老师的一项教研成果《基于微课的翻转课堂教学模式在中职医学教育中应用的研究》三项教研成果均荣获曲阜市曲阜市教育科学研究优秀成果一等奖。

经曲阜市教师教育发展服务中心评审，我校申报的三项课题《中职混合式教学的实施与推进路径研究》、《基于国防教育培养中职生责任担当的实践研究》及《体医融合背景下中职医校体育保健课程开发研究》均立项为曲阜市级实验课题。2021年11月21日下午，特邀曲阜教师教育发展服务中心陈立峰副教授、曲阜市教师教育发展服务中心体卫艺部范春明主任、曲阜市教师教育发展服务中心职业教育部刘兵主任作为课题评审专家，在学校厚德楼三楼第一会议室召开了曲阜市级实验课题开题报告会以及校级课题结题鉴定会。

我校申报的《混合式教学模式下精品资源共享课的建设实践研究》立项为山东省职业教育教学改革课题。申报的《中职医药卫生类学校“课程思政”建设的实践研究》经济宁市教育科学规划课题专家评审委员会评审，并由济宁市教育科学规划领导小组批准，立项为济宁市教育科学“十四五”规划课题。2022年2月27日上午，依据课题管理规定，经与课题开题指导专家协商，曲阜中医药学校立项的省、市两项课题在厚德楼二楼会议室成功召开课题开题论证研讨会议。

2019年立项的两项山东省教育厅教改课题《中华优秀传统文化融入中职英语课堂教学的研究与实践》和《中医特色技能传承平台的现代学徒制模式的探讨》已进入结项验收阶段。